تعتمد منظمة ضحايا على التمويل الذاتى من خلال تبرعات أعضاء مجلس الادارة وأعضائها الاخرين، ونظراً لأعمال العنف المستمرة في ليبيا، لم تتمكن المنظمة من الحصول على أى تمويل من أى جهة محلية أو دولية، وتفتقر المنظمة للدعم المالي، والذي بلا شك أثر تأثيرا كبيراً في تنفيذها لأعمالها ومشاريعها الحقوقية.